Фамилия Атькин — редкий пример, где разбор упирается не в очевидное имя или ремесло, а в диалектное или звукоподражательное слово. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), корень здесь не из святцев. Основа — не имя Атя, а прозвище или глагольная форма.

Самый вероятный путь: от древнерусского «атькать» — то есть говорить «ать» вместо «атька» или просто часто вставлять в речь это междометие. В северных и сибирских говорах «ать» означало «дай», «подай» или было командой собаке («ать!» — возглас, понукающий к действию). Человек, который постоянно «атькал», получал прозвище Атька — так же, как вечно повторяющего «ну» прозывали Нуйка. От этого прозвища через стандартный патронимический суффикс -ин и родилась фамилия Атькин («сын Атьки»). Модель типичная: как Коська → Коськин или Васька → Васькин. Суффикс -ин закреплялся за основами на -а, -я, что подтверждает русское, а не иноязычное происхождение.

Менее убедительная версия — от тюркского имени Атик (в значении «старый», «почтенный»). Однако в таком случае фамилия скорее звучала бы как Атиков или Аткин, а форма Атькин с мягким знаком и суффиксом -ин указывает на русскую, а не татарскую основу. Географически фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, где диалектное «атькать» было в ходу. Никакого дворянского или боярского корня здесь нет: фамилия крестьянская, прозвищная, и её носители, скорее всего, были простыми людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу предка. С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду с Атьков, Атьковский и Атюнин, но отличается от них именно суффиксом -ин.