Фамилия Автамонов происходит от производной формы церковного имени Автоном. В просторечии имя Автоном часто звучало как Автамон, а в некоторых говорах — как Автомон. С греческого «Автономос» переводится как «самостоятельный», буквально — «сам себе закон». Имя было известно на Руси с принятием христианства, но никогда не было частым, поэтому фамилия Автамонов встречается заметно реже, чем, скажем, Иванов или Петров.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе Автамон прибавили суффикс -ов, указывающий на принадлежность. В буквальном смысле Автамонов — это «сын Автамона». Мужские фамилии на -ов типичны для центральной России, и в случае с Автамоновыми это подтверждается историческими документами.

В русской истории известен дворянский род Автамоновых. Его родоначальником считается новосильский помещик Ефрем Яковлев Автамонов, упоминаемый в документах 1673 года. Род был записан в VI часть родословной книги Тульской губернии, что говорит о его древнем, столбовом дворянстве. Герб Автамоновых представляет собой изображение меча в руке — это прямая отсылка к версии, что дворянский титул был пожалован предку за отличие на поле брани.

Интересная деталь: написание фамилии через «а» (Автамонов) закрепилось в официальных документах, хотя в бытовой речи и в старых метрических книгах можно встретить вариант «Автомонов». Это отражает колебания между церковным произношением имени (Автоном) и народным (Автамон). В любом случае, оба варианта восходят к одному греческому корню.