Фамилия Аймалеев образована по одной из самых распространённых моделей русских фамилий — с помощью патронимического суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или гласный. В данном случае основа — Аймалей, а фамилия буквально значит «сын Аймалея» или «потомок Аймалея». Это типичная русская фамилия, но её корень указывает на тюркское происхождение.

В основе лежит личное имя Аймалей. Оно состоит из двух тюркских компонентов: «ай» — луна, месяц (символ красоты, света, божественного начала) и «малай» — мальчик, дитя, сын. В тюркских языках сложные имена с компонентом «ай» были очень популярны: Айдар, Айнур, Айгуль. Аймалей, таким образом, можно перевести как «лунный мальчик» или «дитя месяца» — имя-пожелание, чтобы ребёнок был светлым, счастливым или находился под покровительством луны.

Скорее всего, фамилия Аймалеев возникла в среде крещёных татар или башкир, а также других тюркских народов Поволжья и Приуралья, которые переходили в православие. При крещении человек получал христианское имя, но в быту и в документах за ним могло закрепиться дохристианское родовое имя, от которого позже и образовалась фамилия. На это указывает и окончание -ев, а не тюркский родовой суффикс.

Интересная деталь: суффикс -ев в этой фамилии указывает на то, что исходное имя Аймалей в русском языке склонялось как существительное мужского рода с основой на мягкий согласный (сравните: Алексей — Алексеев). Если бы имя звучало как Аймалай, фамилия была бы Аймалаев. Такое чередование — обычное дело при адаптации иноязычных имён в русской письменности.

Фамилия редкая. Встречается в основном в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане. Носители фамилии, вероятно, потомки служилых татар или башкир, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии по имени отца при переписях и закреплении сословного статуса. Сословная принадлежность могла быть разной — от государственных крестьян до казаков, но однозначных данных об этом по фамилии Аймалеев нет.