Фамилия Айтан — редкий случай, когда фамилия не образована от славянского корня, а пришла в русский язык из тюркских языков. Встречается она преимущественно у народов Поволжья, Урала и Сибири, особенно у татар, башкир, а также у некоторых групп тюркоязычных народов Кавказа. На слух она звучит непривычно для русской ономастики, и это сразу подсказывает её происхождение.

Основа фамилии — тюркское личное имя Айтан (или Айттан). Оно составное: «ай» — «луна» и «тан» — «рассвет», «утро». В буквальном переводе имя означает «лунный рассвет» или «утренняя луна». В тюркской культуре луна и рассвет — традиционные поэтические образы, связанные с красотой, началом нового дня и светом. Имя Айтан могли давать ребёнку, родившемуся на утренней заре при луне, или как пожелание светлой судьбы.

В отличие от русских фамилий, которые часто оканчиваются на -ов, -ев или -ин, фамилия Айтан не получила славянского суффикса. Это указывает на то, что она закрепилась в документах уже в готовом виде — как тюркское имя или прозвище, которое не стали русифицировать. Подобные «голые» фамилии характерны для татарских и башкирских родов, которые долго сохраняли свою антропонимическую традицию.

В русском контексте фамилия Айтан может писаться с удвоенной «т» (Айттан) или без неё, что связано с особенностями записи тюркских имён в метрических книгах и паспортах. Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Айтáн, хотя в диалектах возможны варианты.

Родственные фамилии — Айтуганов, Айтулов, Айдаров — тоже построены на тюркском «ай», но у Айтан основа короче и архаичнее. Носители этой фамилии могут проследить свои корни до дореволюционных крестьян или служилых татар, но точных сведений о сословной принадлежности без генеалогического исследования нет.