Фамилия Аюшеев — одна из тех, что сразу указывает на восточные корни, и в данном случае она почти наверняка ведет в Бурятию, Калмыкию или Монголию. Ее основа — мужское имя Аюша, которое восходит к тибетско-монгольскому буддийскому имени Аюши (Ayushi), означающему «долголетие» или «долгая жизнь». В буддийской традиции это имя связано с божеством долголетия — Буддой Амитаюсом. Так что в основе фамилии лежит не прозвище и не профессия, а личное имя с глубоким сакральным смыслом: нарекая сына Аюшей, родители желали ему долгих лет.

Модель образования типична для бурятских и калмыцких фамилий, адаптированных к русской грамматике. Суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягких основ) присоединен к основе Аюш-, образуя патроним: Аюшев — «сын Аюши». В исконном русском языке такой суффикс указывает на принадлежность, но здесь он просто русифицирует монголоязычное имя, чтобы фамилия вписалась в документацию Российской империи и СССР. Интересно, что в самой Бурятии встречается вариант написания Аюшиев (с сохранением полной основы), но форма Аюшеев — более частая и закрепившаяся.

Географически фамилия почти целиком привязана к ареалу расселения бурят (Республика Бурятия, Иркутская область, Забайкалье), а также встречается у калмыков. В европейской части России она редка и обычно появляется в результате миграции. По сословной принадлежности предки Аюшеевых чаще всего были скотоводами, охотниками или буддийскими ламами — имя Аюша популярно и среди духовенства, и среди мирян. Никакой дворянской или купеческой истории у этой фамилии нет, она сугубо народная, но с отчетливым религиозно-культурным подтекстом.

С точки зрения словообразования, Аюшеев отличается от многих фамилий на -ев тем, что основа не обрусела до конца: имя Аюша не склонялось по русским падежам в быту, а суффикс просто добавили сверху. Это типичный пример того, как русская фамильная модель наложилась на иноязычное имя без переосмысления. Споров о происхождении здесь почти нет — версия с буддийским именем единственная и надежная, альтернативные гипотезы (например, от тюркского «ай» — луна) не выдерживают критики, так как не объясняют суффикс и конкретную форму.