Фамилия Аюшеева — один из ярких примеров того, как бурятская антропонимия переплелась с русской моделью фамилиеобразования. В основе лежит бурятское мужское имя Аюшей (встречаются варианты Аюш, Аюша), которое восходит к санскриту и значит «долговечный». Имя давали с пожеланием ребёнку здоровья и долгих лет жизни — типичный для многих культур случай, когда личное имя становится семейным.

Фамилия образована по русскому образцу: к основе Аюш(ей) прибавили суффикс -ев. Такая модель — добавление -ов/-ев к отцовскому имени — стала основной для бурятских фамилий в XX веке. До революции полноценную фамилию по русскому обычаю имели в основном крещёные буряты и казаки, а остальные пользовались патронимом — именем отца, которое и выполняло роль фамилии. Отсюда же берёт начало традиция, когда у бурят отчество и фамилия совпадают (например, Бадмаев Владимир Бадмаевич): чтобы избежать путаницы, в качестве отчества иногда берут имя деда.

Встречается и альтернативная, менее убедительная гипотеза о происхождении фамилии. Согласно ей, прозвище Аюшей связано с русским словом «аюша» — так называли кольцо на вершине мачты на судах, или с глаголом «аюшить» (медлить, колебаться). Тогда предок мог быть корабелом, моряком или, напротив, нерешительным человеком. Однако эта версия выглядит натянутой: имя Аюшей у бурят имеет давнюю и прозрачную санскритскую этимологию, и связывать его с русской морской терминологией нет оснований.

При образовании бурятских фамилий от имён, оканчивающихся на гласный, часто срабатывает старомонгольская модель: конечный краткий гласный заменяется на «у» или «о» (сравните: Бато → Батуев и Батоев). В случае с Аюшеевым этого не произошло: основа сохранила русское оформление, как и в фамилиях типа Цыренов или Шагдаров. Это говорит о том, что фамилия оформлялась уже в советское время, когда русская модель стала нормой. Другие способы — с суффиксами -он, -э, -о, -ин, -ай (Мижидон, Балдано, Батожабай) — для Аюшеевой нехарактерны, так как они восходят к показателям родительного падежа в старомонгольском и современном бурятском языке и встречаются реже.

Сегодня фамилия Аюшеева распространена в Бурятии и среди бурятской диаспоры. Она чётко указывает на родовое имя предка по отцу и не содержит дополнительных сословных или географических оттенков.