Фамилия Аюшин — редкий пример тюркского имени в русской фамильной модели. Её основа восходит к мужскому имени Аюш, которое в тюркских языках означает «медвежонок» (от «аю» — медведь). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Аюшин буквально значит «сын или потомок Аюша». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я.

Имя Аюш (или Аюша) было распространено у калмыков, бурят и некоторых сибирских татар. У бурят, например, имя Аюша (тибетского происхождения, от «аюши» — долголетие) могло сливаться с тюркским корнем. В любом случае, носитель фамилии Аюшин — почти наверняка потомок человека, которого звали Аюш. Прозвище «медвежонок» могло отражать внешность, характер или быть ласковым именем для ребёнка.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где тюркские и монгольские народы контактировали с русскими: Калмыкия, Бурятия, Забайкалье, Астраханская область. В центральной России Аюшины встречаются редко, и это дополнительный маркер происхождения.

В отличие от фамилий на -ов, модель на -ин здесь не указывает на отчество в строгом смысле, а скорее фиксирует прозвище или личное имя первого носителя. Интересно, что в русской ономастике фамилии с основой «аюш» почти не имеют однокоренных вариантов — это отличает Аюшина от, скажем, Медведевых, где корень славянский. Фамилия сохранила этнический колорит и не «обрусела» семантически.

Сословное происхождение Аюшиных неоднородно: среди носителей могли быть как крещёные калмыки и буряты, принявшие русскую фамилию, так и русские, получившие прозвище от соседей-тюрков. Точных данных о дворянстве или казачестве нет — фамилия осталась в основном крестьянской и мещанской.