Фамилия Бабалиева — женская форма, а её мужской вариант — Бабалиев. Сразу бросается в глаза основа «Бабали», которая нехарактерна для исконно русских фамилий. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность («чей?»), но сама основа явно тюркского или, шире, восточного происхождения.

Корень «баба» в тюркских языках означает «отец», «дед», «предок», а также может быть уважительным обращением к старшему или духовному наставнику (ср. «бабай» — дед, «баба» — отец в тюркских языках). Вторая часть «-ли» — распространённый тюркский аффикс, образующий прилагательные со значением обладания: «имеющий отца/предка», «относящийся к предку». Таким образом, имя или прозвище Бабали могло означать «сын отца» (в смысле «достойный своего отца») или «почтенный, как предок». Вариант с «-ли» как частью личного имени встречается у многих тюркских народов — азербайджанцев, туркмен, кумыков.

Фамилия Бабалиева указывает на то, что предок носителя носил имя или прозвище Бабали. Скорее всего, это было не просто имя, а прозвище, данное человеку, который пользовался особым уважением в общине, возможно, старейшине или религиозному деятелю. Встречается фамилия преимущественно на Северном Кавказе (в Дагестане, Чечне, Ингушетии) и в Закавказье (в Азербайджане). Учитывая ареал, наиболее вероятно, что фамилия имеет азербайджанские или кумыкские корни.

В русском языке фамилии на «-ев» от тюркских основ стали фиксироваться в XIX — начале XX века, когда у народов Кавказа и Закавказья начали массово появляться фамилии по русской модели. До этого человек мог именоваться просто по отцу: Бабали оглы (сын Бабали). При переходе в русскую документацию к основе добавили суффикс «-ев», и фамилия закрепилась в форме Бабалиев/Бабалиева. Стоит отметить, что ударение в ней, скорее всего, падает на второй слог: Баба́лиева, что соответствует тюркской просодии.