Фамилия Бабанакова — одна из тех, что сразу указывает на свои корни: она тюркская по происхождению и связана с телеутским народом, исторически населяющим юг Западной Сибири, в первую очередь территорию современной Кемеровской области. В основе фамилии лежит прозвище Бабанак, которое с телеутского языка переводится как «папочка». Такое обращение могло закрепиться за человеком по нескольким причинам: либо это был любимый отец большого семейства, либо вдовец, который в одиночку растил детей. Прозвище несло уважительный, теплый оттенок, что и позволило ему стать основой для фамилии.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе Бабанак добавился русский патронимический суффикс -ов, типичный для фамилий, которые образовывались от прозвищ или имен при переходе тюркского населения в русскую культуру и документооборот. Женская форма Бабанакова указывает на принадлежность к роду, идущему от предка по мужской линии — Бабанака.

Бабанакова — фамилия редкая, и это не случайно. Телеуты, хоть и сыграли заметную роль в истории региона (в раннем Средневековье они создавали союзное китайцам государство Гаогюй, а позже участвовали в Ойротском союзе), к XVII веку оказались под влиянием России, часть их переселилась в Томск, а численность народа оставалась небольшой. Поэтому большинство носителей фамилии действительно имеют предков из Южной Сибири, и фамилия эта — не столько «древнейшая восточная» в общем смысле, сколько локальная, с четкой географической и этнической привязкой.