Фамилия Бабанаков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркского прозвища Бабанак. Скорее всего, фамилия Бабанаков образована от прозвища Бабанак, что в переводе с телеутского означает «папочка». Так могли называть любимого отца или человека, у которого было много детей, а также вдовца, воспитывавшего детей самостоятельно. Телеуты — народ в России, традиционное место проживания которого — юг Западной Сибири (Кемеровская область). Наиболее яркий период истории телеутов — Раннее Средневековье. Так, в 480-х гг. телеутам удалось добиться военных успехов и создать союзное китайцам государство Гаогюй, но вскоре оно распалось, и телеуты были побеждены эфталитами. телеуты приняли участие в создании Ойротского союза, а в XVII в. они попали под влияние России, многие из них выехали в Томск. Следует отметить, что фамилия Бабанаков является довольно редкой, а большинство ее обладателей имеют предков-выходцев из Южной Сибири.