Фамилия Бабеша, предположительно, имеет румынско-украинское происхождение и образована от имени Бабеш. В ряде тюркских языков оно означает «мальчик, сын» или же «маленький ребенок». На территорию Румынии и Украины это имя могло проникнуть в результате контактов этих народов с азовскими татарами или турками. Окончание -а имеет славянское происхождение. Фактически фамилия Бабеша представляет собой форму родительного падежа имени Бабеш и отвечает на вопрос: «из рода кого, чьего?» По другой версии, фамилия Бабеша образована от аналогичного прозвища и этимологически связана с украинским нарицательным «бабешки» - «потроха, ливер, внутренности животных, которые употребляют в пищу». Прозвище Бабеша мог получить человек, занимавшийся изготовлением и сбытом продуктов из потрохов, например, ливерных колбас. Возможно и то, что прозвище Бабеша является родственным слову «баба». То есть прозвище Бабеша могло принадлежать человеку, воспитанному не родителями, а бабушкой. Не исключено и то, что прозвище Бабеша дали любителю ухаживать за женщинами (в просторечии — бабами или бабешками). Таким образом, человек, предка которого звали Бабеш или Бабеша, со временем получил фамилию Бабеша.