Фамилия Бабешина — женская форма фамилии Бабешин, и её происхождение стоит искать не в очевидном «баба», а в менее известном, но более точном корне. Основа фамилии — прозвище или мирское имя Бабеша. Чаще всего его связывают с диалектным словом «бабеха» — так в некоторых русских говорах называли крупный, разросшийся гриб-дождевик или вообще что-то пухлое, неуклюжее. Человек с таким прозвищем мог получить его за внешность — например, за плотное телосложение или медлительность.

Суффикс «-ин» в фамилии Бабешин указывает на старую притяжательную модель: «чей?» — Бабешин, то есть сын или потомок Бабеши. Такие фамилии были особенно распространены в северных и центральных регионах России, где «-ин» закрепился как основной патронимический суффикс. В отличие от фамилий на «-ов» и «-ев», которые чаще встречались на юге, «-ин» типичен для новгородских, псковских и владимирских земель.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с именем Баба, которое в древности было не обидным, а охранительным. Родители могли назвать сына Бабой, чтобы обмануть злых духов: считалось, что имя, вызывающее ассоциацию с женщиной или старухой, отведёт от мальчика болезни. В таком случае Бабеша — уменьшительная форма этого имени, а фамилия — его прямое производное.

Встречается фамилия редко, и её носители, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали по бытовым признакам. Сословного статуса или дворянского корня у Бабешиных не прослеживается — это фамилия, которая возникла в народе и осталась в нём.