Фамилия Бабешин, предположительно, образована от прозвища Бабеша, которое этимологически связано с украинским нарицательным «бабешки» - «потроха, ливер, внутренности животных, которые употребляют в пищу». Прозвище Бабеша мог получить человек, занимавшийся изготовлением и сбытом продуктов из потрохов, например, ливерных колбас. Возможно и то, что прозвище Бабеша является родственным слову «баба». То есть прозвище Бабеша могло принадлежать человеку, воспитанному не родителями, а бабушкой. Не исключено и то, что Бабешей прозвали любителя ухаживать за женщинами (в просторечии — бабами или бабешками). По другой версии, фамилия Бабешин происходит от тюркского имени Бабеша, которое является вариантом имени Бабеш и в переводе означает «мальчик, сын» или же «маленький ребенок». Так и прозвище Бабеша закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Бабешин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Бабеша, со временем получил фамилию Бабешин. Сведения о представителях фамилии Бабешины содержатся в некоторых Памятных книгах. Так, например, в ряде архивных документов Саратовской области, датирующихся первой половиной XX века, упоминается Мария Фридриховна Бабешина (Эйснер), немка по происхождению, которая родилась в 1940 году.