Фамилия Бабишена — редкий и интересный случай в русской ономастике. Сразу бросается в глаза суффикс -ен-, который нехарактерен для классической модели образования русских фамилий. Обычно мы встречаем -ов/-ев, -ин, -ский или -их/-ых. Здесь же основа выглядит как Бабиш- с добавлением -ен(а). Такое окончание указывает на то, что перед нами, скорее всего, не исконно русская, а украинская или белорусская фамилия, где суффикс -енко (в адаптированном виде -ена) встречается часто, либо на южнорусское влияние, где фамилии на -ен(а) бытовали в некоторых регионах.

Корень фамилии — Бабиш. Это уменьшительная или прозвищная форма от слова «баба». В древнерусском языке «баба» имела несколько значений: женщина (часто пожилая), мать, повитуха, а также — в переносном смысле — трусоватый или нерешительный мужчина. Суффикс -иш- придаёт слову оттенок уменьшительности или пренебрежения. Таким образом, прозвище Бабиш могли дать либо сыну, который во всём слушался матери («маменькин сынок»), либо мужчине, которого считали женоподобным или робким. Впрочем, не исключён и нейтральный вариант: Бабиш — это просто «бабушкин внук» или «сын бабы» (в значении «матери»).

Географически фамилия Бабишена встречается в основном в западных и южных областях России, а также на Украине. В дореволюционных переписях носители такой фамилии фиксировались в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях. Это подтверждает версию о её украинско-белорусских корнях.

Сословная принадлежность предков Бабишеных, скорее всего, была крестьянской или мещанской. Фамилия не дворянская и не купеческая — такие прозвища обычно закреплялись за простыми людьми, жившими в сельской местности. Важно отметить, что окончание -а в современном виде (Бабишена) — это форма женского рода. Изначально фамилия звучала как Бабишен (мужской вариант) и склонялась по падежам как прилагательное. Женская форма закрепилась в документах, когда фамилию записывали по матери или когда носительницей была женщина.

Таким образом, фамилия Бабишена — это память о прозвище далёкого предка, которое, возможно, отражало его характер или семейное положение. Она не массовая, но её носители могут с высокой вероятностью проследить свои корни в украинском или южнорусском крестьянстве.