Фамилия Бабиш — редкий пример, где славянская основа почти наверняка столкнулась с нерусским суффиксом. Человек, который её носит, скорее всего, потомок выходцев из западнославянских земель — чешских, словацких или польских.

Корень здесь очевидный и общий для многих славянских фамилий: «баб-». В древнерусском и других славянских языках это слово имело два основных значения: «женщина пожилого возраста» и «повитуха» (женщина, принимающая роды). Однако фамилия образована не напрямую от слова «баба», а от уменьшительного прозвища «Бабиш». В чешском и словацком суффикс «-иш» (-iš) — активный способ образования личных имён и прозвищ (сравните: Гонзик — от Гонза, или Мариш — от Мария). Соответственно, Бабиш — это «маленький Баба» или «сын Бабы». Прозвище «Баба» в старину давали не за возраст, а за характер: так могли назвать излишне мягкого, нерешительного мужчину, а иногда — того, кто часто ворчал, «как бабка». Реже прозвище закреплялось за сыном повитухи.

Географически фамилия Бабиш — одна из самых частых в Чехии. В России она встречается редко, и почти всегда её носители — потомки переселенцев или репатриантов. Написание через «и» (а не через «ы», как было бы в исконно русской модели «Бабыш» или «Бабих») — главный маркер западнославянского происхождения. В русском языке суффикс «-иш» не образовывал фамилий, а использовался в глаголах (бабить — заниматься повивальным делом) или в пренебрежительных формах.

Модель образования фамилии — бессуффиксная, по сути, прозвище перешло в фамилию без добавления русских патронимических суффиксов «-ов» или «-ин». Это характерно для украинской, белорусской и особенно польско-чешской традиции. Если бы фамилия адаптировалась на русской почве, она звучала бы как «Бабишев» или «Бабишин». Социальный статус предков, скорее всего, был крестьянским или мещанским: прозвища такого типа редко встречались в дворянской среде.

Ономастика (работы Б. Унбегауна по русским и западнославянским фамилиям) подтверждает: фамилия Бабиш стоит в одном ряду с чешскими Бабичка, Бабичек и польскими Бабиш, Бабич. Общего предка с русской фамилией Бабичев у неё нет — там другой суффикс и другая история (Бабичев — отчество от прозвища Бабич).