Фамилия Бабишев — одна из тех, где внешняя простота обманчива. На первый взгляд она кажется прямой производной от слова «баба», но на деле её корень уходит в древнерусское нецерковное имя, а не в бытовое прозвище.

Основа фамилии — мужское личное имя Бабиш. В старой Руси так называли младшего, позднего ребёнка, чаще всего мальчика, родившегося, когда мать уже была в возрасте, или того, кого «бабка повила» — то есть последнего, любимого. Имя Бабиш фиксируется в исторических документах: например, в новгородских берестяных грамотах и писцовых книгах XV–XVI веков встречаются люди с таким именем. Суффикс -иш- в данном случае не уменьшительно-уничижительный (как в «домишко»), а скорее ласкательно-указательный, характерный для древнерусских имён (Малыш, Голыш, Трубаш).

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Бабиш → Бабишев, то есть «сын Бабиша». Суффикс -ев указывает на принадлежность к роду человека с мягкой или шипящей основой. Такая модель — одна из самых распространённых в русской ономастике, но именно с основой Бабиш она встречается нечасто, что делает фамилию относительно редкой.

Прямой связи с «бабником» или «бабьим угодником» здесь нет — это народная этимология, которую лингвисты не поддерживают. Прозвище Баба могло даваться мужчине за мягкий характер или за то, что он часто нянчился с детьми, но форма Бабиш — это именно имя, а не прозвище. В некоторых говорах слово «бабиш» означало «бабушкин любимец» или «маменькин сынок», но это уже вторичные значения.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской губерниям, где имя Бабиш было в ходу. Встречается она и у казаков, но там, скорее всего, пришлая. Среди дворянства Бабишевы не числятся — фамилия крестьянская и мещанская, без громких титулов, но с ясной и древней родословной, уходящей в допетровскую эпоху.