Фамилия Бабишко звучит по-южнорусски или по-украински: её выдает суффикс -ишк-, который в восточнославянских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Этот суффикс часто имел уменьшительное или пренебрежительное значение, но в фамилиях он обычно закреплялся как нейтральный, указывая на родство или принадлежность.

Основа фамилии — личное имя или прозвище Баба. В славянской ономастике слово «баба» многозначно. Самая вероятная версия: так могли называть повитуху, знахарку или просто пожилую женщину, но прозвище Баба давали и мужчинам — изнеженному, женоподобному или слишком привязанному к матери человеку. В некоторых говорах «бабой» называли заику или человека с невнятной речью. Второй вариант: Баба — это сокращение от канонического имени Вавила (разговорная форма Бавúла, где «б» вытеснило «в»). Третья, более редкая гипотеза: прозвище связано с тюркским «баба» — «отец, дед», но для украинских и белорусских земель это маловероятно.

Фамилия Бабишко образована по модели, характерной для западноукраинских и польских территорий: основа + суффикс -ишк(о). Аналогично строились фамилии вроде Батюшко, Дедишко, Станишко. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Бабúшко. Географически фамилия тяготеет к Волыни, Подолью и Галиции — в этих регионах суффикс -ишко встречается особенно часто. В русских переписях и ревизских сказках XVIII–XIX веков такая форма фиксируется редко, что подтверждает её западное происхождение.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым: от крестьян до казаков и мелкой шляхты. В реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища вроде Баба, Бабич — Бабишко могло быть их производной формой. Если предки были казаками, то фамилия могла закрепиться как уличное прозвище, передававшееся по наследству без изменений.

В современной России фамилия Бабишко редкая, её обладатели живут в основном на юге страны, в Краснодарском крае и Ростовской области, что косвенно указывает на миграцию с Украины в XIX–XX веках. В украинских областях она тоже нечастотна, но встречается стабильно, особенно в Львовской и Тернопольской областях.