Фамилия Бабишен — редкий пример, когда географическое положение оказывается важнее, чем разбор корня. С точки зрения словообразования, перед нами типичная украинская или южнорусская фамилия с суффиксом -ен, который в родине фамилии часто заменял великорусское -ов. Если бы фамилия оканчивалась на -ов (Бабишев), она была бы однозначно патронимической: «чей-то потомок». Но окончание -ен (встречающееся также в фамилиях Тимошен, Ковален) указывает на форму, характерную для украинской ономастики, где суффикс -енко со временем мог сократиться до -ен. Впрочем, в случае с Бабишен нельзя исключать и польское влияние: в польском языке прилагательное babi (бабий) + sz (ше) давало бы прозвище, которое затем застыло в фамилии.

Основа «Бабиш» ведет к прозвищу, образованному от слова «баба». В русских говорах «бабить» означало заниматься бабьим делом, быть повитухой или нянчиться с детьми. Человек по прозвищу Бабиш мог быть либо тем, кто часто общался с женщинами (например, повитуха-мужчина — явление редкое, но известное), либо, что вероятнее, ребенком, которого воспитывали бабушки или который родился в семье, где девочек было больше. В украинских диалектах «бабиш» — это ещё и ласковое обращение к пожилой женщине, но в фамилию оно могло перейти как прозвище мужчины, получившего такое имя за сходство с бабушкой (например, за ворчливость или заботливость).

Интересная деталь: фамилия Бабишен почти не встречается в современных метрических книгах центральной России. Основной ареал её бытования — юг Украины, особенно Запорожская и Херсонская области, а также приграничные районы Белгородчины. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть в среде казачества или крестьян-однодворцев, где прозвища давали по бытовым чертам, а не по имени отца. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксировалась в двух вариантах: Бабишен и Бабишин, что связано с колебанием а/и в безударном положении. Второй вариант (Бабишин) мог бы указывать на притяжательное прилагательное от имени Бабиша, но в случае с Бабишен мы имеем дело именно с украинской моделью на -ен.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бабичев, Бабин, Бабенко) показывает, что Бабишен — самая редкая из них. Если Бабиных в России десятки тысяч, то носителей Бабишен — единицы. Это делает фамилию ценной для генеалогии: найти предков с такой фамилией проще, так как каждый случай уникален и хорошо документирован в местных архивах. Вероятнее всего, предок носителя фамилии был человеком с прозвищем Бабиш — невысоким, заботливым или связанным с женским хозяйством.