Фамилия Бабишин — одна из тех, где ясна основа, но неочевиден путь её образования. В её центре лежит имя или прозвище Бабиш. Если отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях означает принадлежность («чей?» — сын Бабиша), остаётся корень, связанный со словом «баба». Только не путайте с «женщиной» в современном бытовом смысле: в древнерусском языке «баба» — это ещё и прозвище для человека вялого, нерешительного или, наоборот, слишком заботливого, «няньки». Иногда так называли мужчину, который много времени проводил с женщинами или занимался «бабьей» работой.

Суффикс -иш в основе Бабиш указывает на пренебрежительно-уменьшительную форму: Бабиш — это буквально «бабёнка», «бабишка». Такие прозвища на -иш были распространены в северных и центральных русских говорах. Фамилия, скорее всего, оформилась именно там, а не на юге или западе, где предпочли бы другие суффиксы. Важно, что фамилия Бабишин — патронимическая, то есть образована от имени отца, а не от географического названия или профессии. Предок носителя, которого в быту звали Бабишом, не обязательно был слабохарактерным — прозвище могло закрепиться иронично, как «медведь» для доброго человека.

Встречается и менее вероятная, но возможная версия: от тюркского или арабского имени Бабиш (вариант Бабыш), которое встречается у татар и башкир. В этом случае корень другой, и фамилия могла появиться в смешанной среде, например, на границе Рязанского или Нижегородского края, где русские и тюркские фамилии нередко переплетались. Однако для русского уха типичное окончание -ин и суффикс -иш выдают скорее исконную модель: сравни с фамилиями Гавришин, Тимошин, где -иш- — просторечная форма имени.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках и переписях она встречается точечно, в основном в Черниговской и Полтавской губерниях, что может говорить о миграции носителей из центральной России на юг в XVII–XVIII веках. Сейчас Бабишины рассеяны по Украине, Беларуси и России, но нигде не образуют крупных гнёзд. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что фамилия сложилась до массового закрепощения крестьян, когда отчество на -ин было нормой для людей незнатного происхождения.