Фамилия Бабышен — редкая и нестандартная по своей словообразовательной модели. Если большинство русских фамилий образовано суффиксами -ов/-ев или -ин (Бабин, Бабушкин), то здесь мы видим суффикс -ен. Такая модель характерна для украинской и белорусской традиции, где -ен часто обозначает «сын» или «потомок» (аналогично польскому -icz). Таким образом, Бабышен — это «сын Бабыша» или «потомок Бабыша».

Основа фамилии — прозвище Бабыш. В народной речи так могли называть человека, чем-то похожего на бабу: либо изнеженного, женоподобного мужчину, либо того, кто часто общался с женщинами, выполнял «бабью» работу. В русских говорах слово «бабыш» фиксировалось и в значении «подкаблучник», «муж, который слушается жены». Однако есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых диалектах «бабыш» — это название гриба-дождевика или небольшого круглого предмета. В этом случае прозвище могло относиться к человеку с округлой фигурой.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям России и востоку Украины. В переписях XVII–XVIII веков носители фамилии Бабышен встречаются в Курской и Воронежской губерниях, а также в Слобожанщине — историческом регионе на границе России и Украины. Это косвенно подтверждает, что фамилия сформировалась в зоне смешения великорусских и малорусских говоров.

В отличие от распространенной фамилии Бабин (прямое указание на отца по имени Баба), Бабышен имеет более сложную структуру. Суффикс -ен указывает не на прямое родство (чей?), а на происхождение (от кого?). Это сближает её с фамилиями типа Иванишен, Гриценко, хотя последние закрепились в украинской традиции с окончанием -енко. Бабышен, вероятно, — промежуточная форма, где украинский суффикс обрусел и потерял конечное -ко.

Встретить эту фамилию сегодня можно редко. По данным современных телефонных справочников, большинство Бабышенов живут в Белгородской и Воронежской областях, единичные семьи — в Сибири, куда предки могли переселиться в ходе столыпинской аграрной реформы.