Фамилия Бабышева образована от имени Бабыш. В свою очередь имя Бабыш является диалектным вариантом башкирско-татарского имени Бабич. В башкирском, татарском, а также других тюркских языках существует ряд родственных именований, которые переводятся как «мальчик», «сын» или «маленький ребенок». Менее вероятно, что фамилия Бабышева имеет славянское происхождение и образована от прозвища Бабыш, связанного со словом «баба». В старину бабой на Руси называли крестьянскую женщину. Таким образом, прозвище Бабыш может указывать и на социальный статус предка: возможно, он был воспитан в неполной семье, то есть только матерью или бабушкой. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бабышевых можно лишь на основании генеалогических исследований.