Фамилия Бабышена — женская форма, а её мужской вариант — Бабышен. Эта фамилия образована по простой и распространённой модели: к основе прозвища или имени добавился суффикс принадлежности -ен, а затем окончание, указывающее на род. Суффикс -ен в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на украинское или южнорусское происхождение, где такие формы передавали отношение к человеку через его качество или занятие.

Основа фамилии — «бабыш». В старину это слово имело несколько значений. Самое вероятное: «бабыш» — это либо «бабник», любитель ухаживать за женщинами, либо человек, который много времени проводит с бабами (женщинами), возможно, в женском коллективе. В некоторых говорах так называли повитуху или знахарку, но в мужском прозвище это значение маловероятно. Также «бабыш» могло быть прозвищем мужчины, который по характеру или внешности напоминал женщину — был мягким, нерешительным, суетливым. В ономастике такие прозвища на основе родственных связей или поведения встречаются часто: Бабин, Бабушкин, Бабич.

Вероятно, предок носителя фамилии получил прозвище Бабыш за манеру поведения или за то, что его часто видели в обществе женщин. Позже это прозвище закрепилось за его потомками как фамилия. Географически фамилия Бабышен и Бабышена тяготеют к южным регионам России и Украины, где суффикс -ен более типичен. Встречается она нечасто, что делает её редкой и локальной.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Бабышен стоит в одном ряду с Бабиным, Бабкиным, Бабичем. Но если Бабин — это просто «сын бабы» (то есть женщины), то Бабышен — «сын Бабыша», то есть человека с конкретным прозвищем. Такая цепочка образования говорит о том, что прозвище было устойчивым и передавалось как родовое имя уже в XVI–XVII веках, когда фамилии только начинали закрепляться.