Фамилия Балишен — редкая и неочевидная по происхождению. На слух она напоминает множество фамилий на -ен, но при ближайшем рассмотрении её основа не укладывается в типичные модели.

Словообразовательный суффикс -ен указывает на краткую форму притяжательного прилагательного, характерную для украинской и белорусской традиции. Фамилии вроде Бондарен, Ковален, Шевчен образованы от имён или прозвищ с суффиксом -енк(о), который затем утратил конечное -ко. В случае Балишен мы видим основу «Балиш». Это могло быть разговорное производное от крестильного имени Варлаам (в народных формах Бала, Балаш) или от имени Валентин (через форму Валиш). В обоих случаях суффикс -иш придаёт уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок, как в фамилиях Гавриш, Даниш.

Однако есть и другая версия, более правдоподобная для южнорусских и украинских земель. Фамилия могла возникнуть от тюркского прозвища «балык» — рыба. В диалектах слово «балык» означало не просто рыбу, а вяленую или солёную рыбу, а также торговца рыбой. Форма «Балиш» — это адаптированный вариант с типичным для славянской речи окончанием -иш. Тогда Балишен — это потомок человека по прозвищу Балиш, то есть рыбак или торговец рыбой.

Географически фамилия тяготеет к западным областям бывшей Российской империи: современная Украина, Беларусь, а также юг России. Встречается она крайне редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от одного прозвища в конкретном селе или семье.

Сословной привязки у фамилии нет: её мог носить и крестьянин-рыбак, и мещанин, и казак. В документах XVIII–XIX веков она не фигурирует среди дворянских родов, что подтверждает её простонародные корни.