Фамилия Балышена — женская форма от мужской фамилии Балышен, и её происхождение напрямую связано с разговорным прозвищем или именем Балыш. В основе лежит древнерусское слово «балы» — разговоры, пустословие, шутки, а также глагол «балакать» (говорить, болтать). Человек, которого называли Балышом, скорее всего, был говорливым, балагуром или тем, кто любил рассказывать небылицы. В некоторых говорах «балы» означали ещё и сказки, так что прозвище могло достаться и storyteller’у.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе Балыш- добавили суффикс -ен(а), который в женском варианте указывает на принадлежность к роду. Мужская форма Балышен — это притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?»: сын Балыша. Суффикс -ен, а не более распространённый -ин, встречается реже, но встречается в северных и центральных областях России, где фамилии на -ен (вроде Балышен, Гришен, Мишен) фиксировались как вариант от имён с мягкой основой.

Географически фамилия Балышен — редкая. Основной ареал её бытования — Вологодская, Архангельская и Костромская области, то есть регионы, где сохранялись архаичные формы словообразования. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы из этих губерний увозили свои фамилии в XVII–XIX веках. В дворянских родословных книгах эта фамилия не значится: Балышены, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, и прозвище закрепилось за родом именно в низших сословиях.

Ономастические словари (например, работы Б. Унбегауна) указывают, что фамилии с корнем «бал-» часто несут оттенок шутливости или несерьёзности. Однако не стоит думать, что предки Балышенов были пустословами: в народной среде прозвище могло даваться и с иронией, и с уважением к человеку, который умел развлечь беседу. Единственный спорный момент — возможная связь с тюркским «балык» (рыба), но для фамилии Балышен эта версия слаба: в русских говорах слово «балык» дало бы форму Балыков, а не Балышен. Так что самая прямая и правдоподобная линия — от «балов» и «балагура».