Фамилия Бабитко — украинская по происхождению, что хорошо заметно по суффиксу -ко. В украинской ономастике этот суффикс — один из самых распространённых: он уменьшительный, но в фамилиях часто выполнял роль патронимического показателя, то есть отвечал на вопрос «чей?» (Бабитко — сын или потомок Бабита). Сама основа Бабит — это прозвище.

Прозвище Бабит, скорее всего, произошло от разговорного слова «баба» — «женщина». В народе так могли назвать по нескольким причинам, и все они связаны с бытовыми наблюдениями. Вполне возможно, что так прозвали мальчика, воспитанного мачехой, — без материнской ласки, «бабий воспитанник». Прозвище Бабит мог получить и любитель ухаживать за женщинами, «бабник» в старом, негрубом смысле слова. Нередко на Украине прозвища с основой «баб» носили женоподобные или разнеженные, нерешительные, слабые мужчины — для деревенского уклада это была яркая, запоминающаяся черта.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: усечённая основа баб- + суффикс -ит (как в прозвищах Косит, Ворчит) даёт прозвище Бабит. А уже от него через суффикс -ко образована фамилия. Позже прозвище Бабит, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.

Встречается фамилия преимущественно в западных и центральных областях Украины, особенно в Ивано-Франковской и Львовской. Русской аналогией по смыслу можно считать фамилию Бабин, но суффикс -ко сразу выдает украинские корни носителя.