Фамилия Бабия выделяется на фоне более привычных русских фамилий своим окончанием на -ия. Такое окончание нетипично для исконно русских прозвищных фамилий, которые обычно заканчиваются на -ов, -ев или -ин. Это сразу подсказывает, что корни фамилии, скорее всего, невеликорусские. Наиболее вероятное объяснение — украинское или белорусское происхождение.

В основе фамилии лежит слово «баба». В восточнославянских говорах у него несколько значений. Самое очевидное — женщина, часто пожилая или замужняя. Однако в украинском и белорусском языках «баба» могло быть не просто бытовым термином, а прозвищем. Им нередко награждали мужчину — либо за излишнюю мягкость, нерешительность, либо, наоборот, за ворчливый или сварливый характер. Встречалось и более нейтральное значение: «бабой» могли назвать повитуху или знахарку, а в некоторых регионах — отца, который взял на себя женскую работу по дому после смерти жены.

Фамилия образована по модели, характерной для украинской ономастики. Суффикс -ия (в украинском произношении -ія) часто присоединялся к прозвищу для образования фамилии, особенно в западных регионах. Таким образом, Бабия — это буквально «сын или потомок Бабы», то есть человека с соответствующим прозвищем. Важно не путать эту фамилию с грузинской фамилией Бабия (Бабиашвили) — они звучат похоже, но имеют совершенно разную этимологию.

Географически фамилия Бабия в основном встречается в западных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России. Встречается она нечасто, что делает её довольно редкой. Сословной привязки у неё нет: прозвище «баба» могло закрепиться и за крестьянином, и за казаком, и за мещанином. Единственное, что объединяет всех первых носителей — это то, что фамилию дали не по имени отца, а по яркой личной характеристике предка.