Фамилия Бабкова — одна из тех, что на первый взгляд кажется простой, но при ближайшем рассмотрении таит в себе неожиданный поворот. Самое распространённое объяснение связывает её с прозвищем Бобок, которое давали человеку за сходство с бобом — «любым зёрнышком стручковых растений: фасоли, гороха». Прозвище могло быть ироничным: так называли либо очень маленького, щуплого человека, либо, напротив, того, кто был «ядрёным» и крепким, как спелое зерно. От прозвища Бобок через притяжательное прилагательное (чей? — Бобкова) и закрепилась фамилия.

Однако здесь есть лингвистическая тонкость, которая сразу бросается в глаза. В фамилии пишется «а» в корне: Бабкова, а не Бобкова. В русской ономастике это типичный случай «аканья», закреплённого на письме. В говорах, где безударное «о» произносилось как «а», фамилию записывали на слух. Поэтому Бобков и Бабков — это по сути одна и та же фамилия, разошедшаяся в написании. Более того, в некоторых регионах слово «бабка» имело и другие значения: так могли называть не только пожилую женщину, но и деталь ткацкого станка, и даже особый вид замка́ на двери. Если прозвище было дано мастеровитому человеку, работавшему с таким инструментом, корень мог быть другим — не боб, а бабка. В этом случае фамилия Бабкова означала бы «потомок человека по прозвищу Бабок».

С точки зрения словообразования фамилия относится к самой массовой модели: основа (Бабок/Бобок) плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Женская форма Бабкова — это изначально «жена Бабкова», а позже фамилия закрепилась за всеми потомками по мужской линии и стала несклоняемой в женском роде.

Географически фамилия встречается повсеместно, но чаще в центральных и южных регионах России, где акающие говоры были нормой. В дореволюционных переписях Бабковы встречаются и среди крестьян, и среди мещан — прозвище было нейтральным и не указывало на сословную принадлежность.