Фамилия Бабырина — женская форма фамилии Бабырин. Её основа — прозвище или нецерковное имя Бабырь. В русских говорах слово «бабырь» имело несколько значений: так называли рыбу-бычка, а в переносном смысле — нерасторопного, вялого мужчину или, наоборот, того, кто любит якшаться с бабами. Встречалось и значение «бабий угодник», «подкаблучник». То есть прозвище могло быть как насмешливым, так и чисто бытовым, без резко негативного оттенка.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Бабыря». Такие фамилии чаще всего возникали в северных и центральных областях России, где -ин был основным патронимическим суффиксом, в отличие от южных и западных земель, где преобладал -ов/-ев. Встречается фамилия и в украинском варианте — Бабирин, но там основа чаще связана со словом «баба» напрямую.

Любопытно, что в древнерусских документах фиксируется не только прозвище Бабырь, но и топоним Бабырино — название нескольких деревень в Костромской, Ярославской и Владимирской губерниях. Это даёт вторую версию происхождения: часть носителей фамилии могла получить её по месту жительства — выходец из Бабырина. Однако для большинства Бабыриных первичным остаётся именно личное прозвище.

Спорных гипотез немного. Иногда Бабыриных ошибочно связывают с тюркским корнем «бабыр» (тигр), но для русского ономастикона это натяжка — в славянской среде фамилия сложилась независимо и раньше любых заимствований. Социальный состав носителей был пёстрым: среди Бабыриных встречались и крестьяне, и купцы, и священники — фамилия не закрепилась за каким-то одним сословием.