Фамилия Бабысова — женская форма от Бабысов, а в её основе лежит прозвище или неканоническое имя Бабыс. Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ов- (в мужском варианте) указывает на принадлежность («чей?» — сын Бабыса), а окончание -а в женском роде — стандартный грамматический признак.

Корень «баб-» в русских фамилиях многозначен. Чаще всего он восходит к слову «баба» — в древнерусском языке это не только «женщина», но и «бабушка», «повитуха», а в переносном смысле — прозвище изнеженного или нерешительного мужчины. Однако прозвище Бабыс могло иметь и более конкретный смысл. Суффикс -ыс (или -ис) встречается в русских прозвищах нечасто, но он характерен для оценочных образований: например, «трусыс» (трус), «плаксыс» (плакса). Таким образом, Бабыс — это, скорее всего, человек, которого дразнили за связь с женским миром: либо мужчина, часто бывающий среди женщин (например, помощник повитухи), либо тот, кого считали «бабьим угодником». В некоторых говорах «бабыс» могло означать и «бабий сын» — то есть мальчик, воспитанный без отца, при матерях и бабках.

Географически фамилия редкая. Основной массив носителей, судя по современным данным, сосредоточен в Сибири и на Урале, особенно в Новосибирской области и Алтайском крае. Это косвенно указывает на возможное происхождение из среды старообрядцев или переселенцев XVIII–XIX веков, когда прозвища с бытовой, часто нелестной основой закреплялись в качестве фамилий.

Однокоренных фамилий немного: Бабин, Бабкин, Бабаев — они образованы от других суффиксов (-ин, -к-, -ев) и несут иной оттенок. Бабысов стоит особняком именно благодаря редкому суффиксу -ыс, который делает фамилию не просто отчеством, а прямым прозвищем с яркой эмоциональной окраской. Сословное происхождение установить сложно: фамилия не встречается в дворянских родословных книгах, что типично для крестьянских и мещанских родов, получивших фамилии при переписях XIX века.