Фамилия Бадахов — редкий пример, когда географический след оказывается надёжнее, чем очевидное тюркское или кавказское происхождение. Судя по концентрации носителей, основная масса Бадаховых живёт на Северном Кавказе, прежде всего в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это сразу подсказывает, что корень «бадах» почти наверняка восходит к местным языкам, а не к общеизвестным тюркским именам.

В осетинском языке есть слово «бадах» — «слабый», «худой», «тощий». Прозвище Бадах могли дать человеку с хрупким телосложением или, наоборот, в качестве охранительного имени, чтобы отвести от ребёнка болезни. В карачаево-балкарском «бадах» означает «беда», «несчастье», и здесь прозвище тоже могло выполнять обережную функцию: называя сына Беда, родители надеялись, что настоящая беда обойдёт его стороной.

Суффикс -ов указывает на русскую модель оформления фамилий, которая закрепилась на Кавказе в XIX–XX веках при документальной записи местного населения. То есть исходная форма — Бадах — была русифицирована по образцу «чей?»: Бадахов — сын Бадаха. Встречается и вариант Бадаховы, что типично для северокавказских фамилий, сохранивших родовой суффикс множественности.

Менее вероятна, но возможна связь с топонимом Бадахшан (историческая область в Центральной Азии). Однако для этого нет убедительных миграционных данных: фамилия не фиксируется в таджикской или узбекской среде, а её плотность на Кавказе слишком высока. Скорее всего, перед нами местное прозвище, которое стало фамилией, а не принесённое издалека географическое имя.