Фамилия Бадахшин — одна из тех, что выдают корни носителя с большой точностью. В основе лежит топоним Бадахшан — историческая область в Центральной Азии, разделённая сегодня между Таджикистаном (Горно-Бадахшанская автономная область) и Афганистаном. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем оттуда или имел с тем краем прочную родовую связь.

Словообразовательная модель здесь необычна для русских фамилий. Суффикс -ин в фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — отца или матери (Петров — сын Петра). Но в случае с Бадахшиным суффикс присоединился прямо к названию местности, минуя личное имя. Это типично для фамилий, которые возникали у нерусских народов при интеграции в российскую имперскую систему: местный уроженец становился «Бадахшин» — то есть «тот, кто из Бадахшана». Форма на -ин закрепилась под влиянием русского делопроизводства и паспортной системы XIX–XX веков.

Встречаются и варианты без суффикса — просто Бадахшан (с окончанием на согласный), а также женская форма Бадахшина. Географически фамилия распространена в основном среди таджиков, узбеков и памирских народов, но в России её можно встретить у потомков тех, кто переезжал в советское время из Средней Азии в европейскую часть страны.

Любопытная деталь: в русских документах фамилию нередко записывали на слух, отсюда возможны колебания в написании — через -ов (Бадахшанов) или с двойным ш (Бадахшшин). Но нормативным остаётся вариант с одной «ш» и суффиксом -ин. Искать в ней дворянские корни или древнюю славянскую этимологию бессмысленно — это чистая географическая метка, которая за несколько поколений превратилась в наследственное имя.