Фамилия Бадаковская — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает прозвищное. Строение фамилии указывает на то, что её основа — название населённого пункта. Суффикс -ск- в русских фамилиях чаще всего маркер дворянского или шляхетского происхождения, но в случае с Бадаковскими он, скорее всего, отражает реальную связь с местом: селом, деревней или хутором Бадаково, Бадаковка. Такие топонимы встречаются в западных и центральных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Украины и Беларуси, где распространена модель «топоним + -ский» для обозначения выходца из этого места.

Основа «Бадак-» может иметь несколько корней. Самое прямое объяснение — от слова «бадак» или «бадачок»: в южнорусских и украинских говорах так называли небольшой челн, лодку-долблёнку, выдолбленную из цельного ствола дерева. Если Бадаково стояло на реке, название могло возникнуть от ремесла местных жителей — изготовления или использования таких лодок. Менее вероятная, но возможная версия — от тюркского имени Бадак (уменьшительная форма от Бадр, «полная луна»), которое могло остаться в ойкониме после татарского или ногайского влияния. Третья, самая прозаичная гипотеза — искажение от «бодак» (колючий кустарник, репейник), то есть «место, поросшее бурьяном».

Фамилия Бадаковская не принадлежала к массовым крестьянским: суффикс -ск- в крестьянской среде приживался редко, чаще его носили священники, мелкая шляхта или казацкая старшина. Если предки были духовного звания, фамилию могли дать по названию села, где служил отец-священник. Если шляхетского — по родовому имению. В любом случае, носитель фамилии — человек, чей предок был первым, кого записали как «из Бадаково», то есть пришлого оттуда или владевшего этой землёй. Сегодня фамилия встречается точечно, в основном на западе России и в восточной Украине, что подтверждает её локальный, а не общерусский характер.