Фамилия Бадгутдинов — типичный пример тюрко-татарской модели образования фамилий от арабских по происхождению личных имён. В основе лежит имя Бадгутдин, сложенное из двух корней. Первый — «бадгу» (вариант «бадги»), который восходит к арабскому слову со значением «человек несравненной красоты, писаный красавец». Второй компонент — «дин», один из самых частых в мусульманском именослове, переводится как «религия, вера, вероисповедание». Целое имя Бадгутдин означает «украшение религии».

Фамилия образована по стандартной для татарских и башкирских фамилий модели: к имени прибавили русский патронимический суффикс -ов, который закрепился в документах после введения всеобщей переписи. Таким образом, Бадгутдинов — это буквально «сын Бадгутдина». Интересно, что в тюркской среде имя нередко записывали в бытовом, стяжённом варианте — Бадретдин или Бадрутдин, но полная форма Бадгутдин встречается реже, что делает фамилию относительно редкой и легко отличимой от более массовых Бадретдиновых.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Предки носителей фамилии, скорее всего, относились к сословию государственных или ясачных крестьян, а в среде сельских мулл и религиозных деятелей имя Бадгутдин могло даваться в знак благочестия. В отличие от фамилий, образованных от названий профессий, эта сразу указывает на личное имя предка — человека, которого окружающие считали «украшением веры».