Фамилия Бадукина — женская форма от Бадукин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования простая: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Бадукин — это «сын Бадуки» или «человек из рода Бадуки». Основа здесь — прозвище или неканоническое имя Бадука, которое восходит к глаголу «бадукать». В южнорусских и украинских говорах это слово означало «говорить бессвязно, бормотать», иногда — «бредить». Так могли прозвать неразборчивого в речи человека, того, кто говорил сбивчиво или слишком быстро. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, -ин здесь указывает на прямое родство, а не на принадлежность к хозяйству или поместью, что типично для прозвищ, закрепившихся в крестьянской среде.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: Бадука могло быть производным от тюркского имени или прозвища, например, от «бадук» — «маленький, младший». Но для фамилии, бытующей в центральных и южных областях России, славянская основа выглядит убедительнее. Географически фамилия встречается в основном в Курской, Воронежской и Ростовской областях, что подтверждает её связь с южнорусской диалектной лексикой. В дореволюционных переписях Бадукины числились среди государственных крестьян — то есть лично свободных, но плативших подать.

Стоит заметить, что в фамилии сохранился редкий для современного русского языка глагольный корень. «Бадукать» почти вышло из обихода, но в говорах XIX века его фиксировали составители словаря Даля. Таким образом, носительницы фамилии Бадукина могут считать себя потомками людей, чья отличительная черта — манера речи.