Фамилия Баджан восходит к тюркскому имени Баджан, которое в переводе на русский язык означает «свояк». Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит татарское женское имя Баджи – «старшая сестра». Менее вероятно, что в основе этой фамилии лежит индийское слово «баджан» («бхаджан») – «гимны, прославляющие различные имена и формы бога».