Фамилия Багалина — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и каждая по-своему интересна. Чаще всего её связывают с прозвищем Багаля, а оно, в свою очередь, восходит к диалектному слову «багля». В говорах русского севера и Сибири так называли дорогу или тропу, выстланную по трясине или болоту — гать, настил из брёвен и веток, по которому можно было пройти через топь. Строить такие дороги было делом тяжёлым и необходимым, поэтому прозвище Багаля могли дать человеку, который ровнял, мостил путь в заболоченной местности. Фамилия, образованная от такого прозвища, — это указание на ремесло предка, на его конкретный, практический труд.

Но есть и другая версия, более бытовая. В тех же северных и центральных областях России словом «багай» иногда называли шалуна, проказника. Отсюда — ласковое или насмешливое прозвище Багаля для весёлого, непоседливого и озорного человека. Фамилия Багалина могла появиться и в таком, «характерном» значении, без связи с профессией. Обе гипотезы имеют право на существование, и выбор между ними зависит от того, в какой местности и в какой среде фамилия возникла впервые. Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на -а (Багаля) добавляется притяжательный суффикс -ин-, указывающий на принадлежность «сын Багали» или «род Багалиных». Такая модель типична для северных и центральных губерний России и встречается реже на юге. Географически фамилия Багалина встречается негусто, но наиболее характерна для Поволжья и некоторых областей Урала, что косвенно подтверждает связь с диалектной лексикой этих регионов. В современном написании фамилия сохранила ударение на втором слоге — Бага́лина, что тоже отличает её от некоторых однокоренных вариантов.