Фамилия Баглюкова, скорее всего, женская форма от Баглюков, в основе которой лежит прозвище или нецерковное имя Баглюк. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Баглюка), остается корень «багл-». Он редкий и не имеет очевидного толкования в современном русском языке.

Самая правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «баглить» или «багловать». В северных и сибирских говорах так называли процесс добычи жемчуга из раковин — «баглить жемчуг». Соответственно, Баглюком могли прозвать ловца жемчуга, человека, занятого этим промыслом. Вторая версия — от глагола «багрить» (ловить рыбу багром), но тогда форма скорее была бы Багрюков, хотя в живой речи возможны искажения. Третья, менее вероятная, — от тюркского имени Баглы (счастливый, удачливый) с добавлением славянского суффикса -ук.

Суффикс -ук (или -юк) типичен для украинских и южнорусских фамилий. Он указывал на человека по отцу или по характерному признаку: Петрук — сын Петра, а Баглюк — «сын» или «человек Баглы», либо «тот, кто баглит». Сама фамилия Баглюкова — относительно редкая, ее география тяготеет к югу России (Курская, Белгородская области) и к Сибири, куда переселенцы принесли и промысел, и прозвище.

Сословно предки Баглюковых, скорее всего, были крестьянами или мещанами: промысел жемчуга и рыболовство — занятия не дворянские. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, что типично для фамилий, образованных от местных или профессиональных прозвищ, не попавших в родословные книги.