Фамилия Баглюков — редкий пример, где за привычной славянской моделью на -ов кроется, скорее всего, неславянская основа. Словообразовательный суффикс -ов (в варианте после твёрдого согласного) указывает, что фамилия образована от прозвища или имени Баглюк, то есть «сын Баглюка» или «принадлежащий Баглюку». Сама же основа «баглюк» в русских говорах не фиксируется, зато имеет прямые параллели в украинском и белорусском языках.

Наиболее правдоподобная версия отсылает к украинскому «баглюк» — так в некоторых регионах называли глину, вязкую землю или грязь. Прозвище Баглюк мог получить человек, живший на глинистой почве, работавший с глиной (гончар, мазанщик) либо просто ходивший постоянно испачканным. В украинских говорах это слово встречается редко, что объясняет и редкость фамилии. Менее вероятна связь с диалектным глаголом «баглити» — «смотреть, высматривать», откуда Баглюком могли назвать любопытного или подглядывающего человека.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — современной Украине и Белоруссии. В дореволюционных метрических книгах Баглюковы изредка встречаются среди крестьян Черниговской и Могилёвской губерний. В центральных великорусских областях фамилия почти не бытовала: там её могли переосмыслить на свой лад, сблизив с «багровый» или «багрить», но это уже вторичное народное перетолкование.

Ударение, судя по типичной модели, падает на последний слог — Баглюко́в, хотя в устной речи нередко смещается на второй слог под влиянием фамилий на -юков. Вариантов написания практически нет: буква «ё» в корне не встречается, а замена «ю» на «у» (Баглуков) — ошибка, хотя и возможная в неграмотных записях XIX века.

Таким образом, фамилия Баглюков — это редкий «профессионально-топографический» след: предки носителя с большой вероятностью жили на глинистой земле или занимались гончарным ремеслом на юго-западных окраинах России.