Фамилия Багуза — одна из тех, где сразу бросается в глаза необычное окончание. В русской ономастике фамилии на -уза встречаются редко, и это сразу подсказывает, что перед нами не типичная «служебная» модель (вроде -ов или -ин), а скорее застывшая форма прозвища. Скорее всего, перед нами фамилия украинского или белорусского происхождения, где подобные окончания более характерны, чем в великорусских землях.

В основе фамилии лежит слово «багуз» или «багуза». В южнорусских и белорусских говорах так могли называть брюкву, репу, а в переносном смысле — толстого, неуклюжего человека. Есть и другая версия, менее очевидная: «багуз» могло быть диалектным вариантом слова «багульник» (болотинное растение), но это сомнительно, так как фонетически переход «ль» в «з» нехарактерен. Наиболее правдоподобно, что прозвище Багуза дали либо по внешности (полный, круглый как репа), либо по характеру (медлительный, тяжелый на подъем).

Интересно, что фамилия почти не встречается за пределами бывших черниговских и полтавских земель, а также в Брянской области России. Это указывает на локальное бытование прозвища, которое не распространилось широко. Суффиксального оформления в виде -ов или -ин фамилия не получила — она осталась в исходной форме, что типично для украинской традиции, где фамилии нередко закреплялись без дополнительных патронимических суффиксов.

Если сравнивать с однокоренными, то в украинских фамилиях встречается Багуз, Багузенко, а в польских — Baguz. Все они, скорее всего, восходят к одному и тому же корню. Дворянского сословия среди носителей фамилии не зафиксировано, что подтверждает её «простонародное» происхождение от прозвища, данного по бытовой или внешней примете.