Фамилия Баишевы образована от древнего тюркского имени Баиш. В основе имени лежит сочетание двух значений: «бай» — богатый, состоятельный, и «иш» — друг, товарищ, спутник. Таким образом, имя Баиш означало «богатый друг» или «могущественный спутник». Это имя было распространено в тюрко-татарской среде, и носители фамилии, скорее всего, вели свой род от выходцев из Золотой Орды, печенегов или половцев.

Фамилия оформлена по русской модели притяжательным суффиксом -ев, который присоединяется к основе на шипящий или мягкий согласный (Баиш → Баишев). Суффикс указывает на принадлежность: «сын Баиша» или «из рода Баиша». В XV–XVII веках, когда в Русском государстве активно шло формирование фамилий у служилых людей, многие дворянские роды нерусского происхождения принимали фамилии по имени родоначальника. Среди татарской и тюркской знати, переходившей на русскую службу, имя Баиш встречалось нередко.

Стоит отметить, что фамилия бытует в двух основных вариантах ударения: Баи́шев и Ба́ишев. Второй вариант, с ударением на первый слог, чаще встречается в регионах с сильным влиянием башкирского и татарского языков — в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской области. Это связано с тем, что в тюркских языках ударение обычно падает на последний слог, но при адаптации в русском языке оно могло сместиться.

В родословных книгах некоторых дворянских родов упоминаются Баишевы, чьи предки выехали из Золотой Орды. Например, в «Бархатной книге» и других родословных росписях XVII века фигурируют фамилии, образованные от тюркских имен с корнем «бай», что подтверждает восточное происхождение рода. Однако точных сведений о том, что все Баишевы принадлежали к дворянству, нет: фамилия могла закрепиться и за крестьянами, и за казаками, особенно в южных и восточных регионах России.

Сегодня фамилия Баишев встречается в Поволжье, на Урале, в Казахстане и Средней Азии. Она остаётся живым свидетельством давних культурных и языковых контактов между тюркскими и славянскими народами.