Фамилия Баишева образована от древнетюркско-татарского мужского имени Баиш. В основе лежит корень «бай» — один из ключевых в тюркской ономастике, означающий «богатый, господин, хозяин». Полное значение имени Баиш — «состоятельный, могущественный друг, товарищ, спутник». Родители, нарекая так сына, желали ему стать обеспеченным и высокопоставленным человеком, иметь верных спутников в жизни.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: к основе Баиш добавили русский патронимический суффикс -ев (в женском роде — -а). Так фамилии из тюркской среды адаптировались к русской грамматике. Аналогичным образом возникли фамилии Баишев, Баишов, а также более редкие варианты вроде Баишкин. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами, что указывает на разные регионы или время оформления.

Фамилия Баишева встречается преимущественно в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области. Немало носителей и среди сибирских татар. В прошлом имя Баиш было распространено у башкир, казахов, ногайцев, поэтому фамилия могла закрепиться в разных этнических группах независимо друг от друга.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов был длительным и неоднородным. Окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Баишевых можно лишь на основании генеалогических исследований. Однако ясно, что предки современных носителей фамилии носили имя Баиш — и, скорее всего, принадлежали к зажиточным или уважаемым слоям общества, поскольку имя подчеркивало статус и достаток.