Фамилия Бакишева образована от мужского имени или прозвища Бакиш. В основе, скорее всего, лежит тюркское слово «бакыш» — взгляд, зрение, или «бакшы» (в некоторых диалектах) — смотрящий, наблюдатель. В переносном смысле так могли назвать зоркого, внимательного человека, либо того, кому приписывали «дурной глаз» — в этом случае прозвище давали как оберег, чтобы отвести беду. Менее вероятна, но возможна связь с арабским «баки» (вечный, остающийся) через тюркское посредничество — тогда прозвище имело бы пожелательное значение.

Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от основ на мягкий согласный. Первоначально Бакишев — это «сын Бакиша» или «человек из рода Бакиша». Форма Бакишева — женский вариант той же фамилии, который закрепился в документах при записи женщин или через наследование от отца.

Фамилия распространена среди народов Поволжья и Приуралья, особенно у татар и башкир, а также встречается у казахов. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии фиксировались у служилых татар, которые после присоединения Казанского ханства переходили на русскую службу и получали поместья. Позже носители фамилии могли быть крестьянами, мещанами или купцами — сословная принадлежность зависела от региона и времени.

Интересная деталь: в некоторых старых записях фамилию писали через «а» — Бакашев, что отражает диалектное произношение. Встречается и вариант Бакишев с ударением на второй слог, что характерно для южных тюркских говоров.