Фамилия Бокишева — женская форма фамилии Бокишев. Её основа, Бокша, звучит как прозвище или уменьшительное от личного имени. Чтобы понять значение, нужно обратиться к тюркским языкам, где «бок» означает «пар» или «испарение», а в переносном смысле — «сильный», «могучий». В казахском и татарском языках «бок» также имеет значение «крепкий», «здоровый». Суффикс -ша в тюркских языках часто придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок. Таким образом, Бокша могло быть прозвищем крепкого, сильного человека.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с русским диалектным словом «бокша» — так в некоторых областях называли бочонок или кадку. В этом случае прозвище мог получить бондарь или человек плотного телосложения. Однако тюркская этимология выглядит более убедительной, учитывая, что фамилия распространена среди народов Поволжья и Урала, где исторически сильны тюркские влияния.

Формант -ев (в мужском варианте Бокишев) указывает на русскую модель образования фамилий от прозвищ или имён, оканчивающихся на -ша. Такая модель типична для XVI–XVII веков, когда активно шёл процесс русификации нерусских имён и прозвищ. Фамилия Бокишева, скорее всего, возникла в среде крестьян или служилых людей, которые получили прозвище по внешнему признаку или характеру. Географически фамилия чаще встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области.

Однокоренные фамилии — Боков, Бокша, Бокшин. Сравнение с ними показывает, что Бокишев — более редкая форма, сохранившая древнюю тюркскую основу.