Фамилия Бакишев образована по стандартной русской модели: к основе добавили суффикс принадлежности -ев. Это указывает на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком незнатного происхождения — крестьянином, ремесленником или служилым. Суффикс -ев, а не -ов, ставится после мягких согласных, шипящих и ц, поэтому основа фамилии — «Бакиш».

Ключевой вопрос — что означало прозвище или имя Бакиш. Самая вероятная версия ведёт к тюркским языкам. В них слово «бакыш» (или «бакиш») имеет несколько значений, но основное — «взгляд», «взор», а также «дар», «подарок». В переносном смысле Бакишем могли назвать человека с проницательным взглядом, либо того, кто часто что-то дарил, был щедрым. В тюркской ономастике известны мужские имена с корнем «бак» (например, Бакыт — «счастье»), поэтому Бакиш могло быть и личным именем-пожеланием.

Менее распространённая гипотеза связывает фамилию с арабским корнем, где «баки» означает «вечный» или «остающийся». В таком случае форма «Бакиш» могла возникнуть как диалектный или бытовой вариант. Однако для фамилии, бытующей в русскоязычной среде, тюркское происхождение через прозвище или имя выглядит убедительнее.

Географически фамилия Бакишев встречается в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением — в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири, а также среди татар и башкир, принявших православие. В некоторых случаях фамилия могла русифицироваться при переходе носителей из исламской традиции в христианскую, когда отчество или родовое имя закрепляли в форме на -ев.

Сословный состав носителей фамилии был пёстрым: от государственных крестьян до казаков. В документах XIX века встречаются записи о Бакишевых из Оренбургской и Уфимской губерний, где они значились как «инородцы» или «новокрещены». Это подтверждает версию о тюркских корнях основы.