Фамилия Байкишев — яркий пример антропонимии тюркского происхождения, укоренившейся в русской среде. Её основа — тюркское личное имя Байкиш, которое состоит из двух частей: «бай» (богатый, знатный, господин) и «киш» (соболь, куница). Таким образом, имя Байкиш дословно переводится как «богатый соболь» или «знатный пушной зверь». В тюркской традиции такие «звериные» имена давали детям как оберег: считалось, что имя ценного и ловкого зверя передаст мальчику его качества — хитрость, удачливость в промысле и достаток. Встречается и другая трактовка второй части: как «человек, мужчина» (от тюркского «киши»). Тогда Байкиш — «богатый человек», «знатный муж». Оба варианта правдоподобны, но «звериная» версия более архаична и характерна для домусульманских имён-пожеланий.

Русский суффикс -ев указывает на способ образования фамилии по патронимической модели: Байкишев — сын Байкиша. Такие фамилии на -ев (а не на -ов) обычно возникали, если основа оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (в имени Байкиш конечный звук — мягкий «ш»). Это типичная схема для адаптации тюркских имён в русской среде в XVI–XVII веках, когда служилые татары, башкиры и другие народы Поволжья переходили на русскую службу и получали фамилии по отцу.

Географически фамилия Байкишев тяготеет к регионам расселения татар и башкир — Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. Встречается она и среди русских, что говорит о давних межэтнических контактах. В дореволюционных переписях носители фамилии часто записаны как государственные крестьяне или мещане, но изначально родоначальник мог быть и охотником-промысловиком, и мелким служилым человеком.

С точки зрения словообразования фамилия проста и прозрачна: корень Байкиш- плюс суффикс принадлежности -ев. Это отличает её от более поздних искусственных фамилий на -ский. Однокоренные фамилии — Байкишев, Байкишов (встречается реже, с твёрдым суффиксом), а также Байков (от сокращённого имени Бай). В целом, Байкишев — это фамилия-оберег, которая через столетия сохранила память о тюркском имени, связанном либо с пушным промыслом, либо с социальным статусом предка.