Фамилия Баканбаев — характерный пример фамилии, образованной по тюркской модели с помощью компонента «бай». В основе лежит мужское имя Баканбай, которое состоит из двух частей: «Бакан» и «бай». «Бай» в тюркских языках означает «господин», «богатый», «хозяин», это частый элемент в именах, указывающий на достаток или знатное положение. Первая часть — «Бакан» — может восходить к тюркскому слову «бакан» (или «бақан»), которое имеет несколько значений: шест для подъема шатра, рычаг, а также название растения (боярышник). В переносном смысле Баканом могли называть высокого, прямого человека или того, кто выполнял роль опоры в семье или общине. Имя Баканбай, таким образом, означало «господин-опора» или «богатый, как шест шатра» — метафора устойчивости и силы.

Фамилия Баканбаев образована по русской патронимической схеме: к основе Баканбай добавили суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого или йотированного звука). Так в XIX–XX веках оформляли фамилии для тюркских народов, входивших в состав Российской империи. Фамилия характерна для казахов, киргизов, реже встречается у татар и башкир. В казахском языке сохранилась и исходная форма Баканбай — как имя или отчество, но фамилия на -ев закрепилась в официальных документах.

Распространена фамилия в южных и центральных регионах Казахстана, а также в приграничных областях России (Оренбургская, Астраханская). Встречается и у киргизов, где имя Баканбай также было в ходу. Носители фамилии — потомки людей, чьи предки носили имя Баканбай. Сословно это были, скорее всего, скотоводы или земледельцы из числа «черной кости» (простого народа), но не исключено, что в основе прозвища лежала роль предка как устроителя или старшего в роду.

Особенность фамилии — редкий корень «бакан», который в русском языке не имеет прямых аналогов. Это отличает её от более частых фамилий на -баев (типа Аманбаев, Ербаев), где первая часть более прозрачна. Встречаются варианты написания: Баканбаев, реже Баканбайев или Баканбай — в зависимости от эпохи и языка документа. В советских паспортах закрепилась форма с суффиксом -ев.