Фамилия Бахутов — одна из тех, где ясна модель образования, но спорна основа. Типичный русский суффикс -ов указывает на происхождение от прозвища или имени Бахут. По правилам русской антропонимики, фамилии на -ов образовывались от основ, оканчивающихся на согласный: Бахут — сын Бахута, отсюда Бахутов.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркскими языками. В ряде тюркских наречий «бахут» или близкое к нему слово означает «счастье», «удача», «благополучие» (ср. турецкое baht — «судьба, счастье», заимствованное из персидского). Тогда Бахут — это охранительное имя-пожелание, которое давали ребенку, чтобы его жизнь сложилась удачно. Такие имена были распространены в татарской, башкирской, казахской среде, а затем через крещение или ассимиляцию переходили в русские фамилии. В этом случае предок носителя фамилии мог быть выходцем из тюркских народов Поволжья или Кавказа.

Менее распространенная, но допустимая версия — от кавказского корня. В осетинском языке есть слово «бах» — «конь», и гипотетически «бахут» могло означать «конник» или «владелец коня». Однако эта этимология менее убедительна, так как суффикс -ут не характерен для осетинской антропонимии в такой форме.

Встречается фамилия в основном на юге России и в Закавказье — в Ставропольском крае, Ростовской области, а также среди армянских и грузинских семей, носивших эту фамилию после русификации. В дореволюционных источниках Бахутовы фиксировались среди казачества и мещан, что подтверждает версию о бытовом прозвище или имени, а не о дворянском происхождении. Сословной элиты среди Бахутовых не прослеживается — фамилия крестьянская или казачья, образованная от личного имени, которое со временем забылось.