Фамилия Бакирханов — составная, и её разумнее разбирать по частям, а не искать единый корень. Она образована от личного имени Бакирхан, которое склеено из двух независимых компонентов. Первый — арабское Бакир, что значит «обучающийся, изучающий» или «рано созревший, быстро выросший». Второй — персидско-тюркское Хан, титул правителя или повелителя. В сумме имя Бакирхан осмыслялось как «мудрый правитель»: родители, давая его сыну, желали ему соединения знаний и власти.

Фамилия построена по стандартной русской модели притяжательного прилагательного с суффиксом -ов: Бакирханов буквально означает «потомок Бакирхана». Такая модель характерна для русифицированных фамилий тюркского происхождения. Если бы фамилия сохранила исконную тюркскую форму, она могла бы выглядеть как Бакирханоглу или Бакирханлы — с аффиксами -оглу (сын) или -лы (принадлежность), которые типичны для турецких, азербайджанских и гагаузских фамилий.

В ономастике важно различать два слоя: тюркскую основу (имя Бакирхан) и славянский способ её оформления. Фамилия Бакирханов — пример того, как личное имя, составленное из арабского религиозного термина и тюркского титула, попало в русскую фамильную систему через суффикс -ов. Это типичная история для фамилий народов Поволжья, Кавказа и Средней Азии, которые в XIX–XX веках оформили свои родовые прозвания по русскому образцу.

Встречаются варианты написания с одной буквой «н» — Бакирханов, что связано с графической адаптацией при переносе в кириллицу. Сама фамилия редкая: в современных базах данных она фиксируется в основном у татар, башкир и азербайджанцев. Географически ядро носителей — Татарстан, Башкортостан и Азербайджан, но встречаются и в Средней Азии.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Бакиров, Бакирян, Бакирханлы — показывает, что все они восходят к одному арабскому корню, но различаются способом оформления. Бакирханов стоит особняком, так как включает титул «хан», что указывает на более высокий социальный статус родоначальника либо на его происхождение из среды, где титул «хан» был частью личного имени, а не реального правительского звания.