Фамилия Бакланенко — характерный пример восточнославянской модели образования фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, особенно распространённый на территории современной Украины, исторически указывал на происхождение по отцу: Бакланенко — это «сын Баклана» или «потомок Баклана». В XVII–XVIII веках такая модель стала доминирующей в среде запорожского казачества и мещанства Левобережья, поэтому географически фамилия чаще всего встречается в областях, примыкающих к Днепру.

Основа фамилии — прозвище Баклан. В русских говорах бакланом называли крупную водоплавающую птицу из отряда пеликанообразных. Прозвище это было неоднозначным. С одной стороны, его давали большеголовому человеку — существовала даже поговорка: «Велик баклан, да есть изъян». С другой стороны, бакланом могли окрестить неповоротливого, грузного мужчину, а в крестьянской среде — ленивого или нетрудолюбивого работника, который «сидит бакланом» (то есть без дела). Таким образом, прозвище могло нести как описательно-внешнюю, так и социально-оценочную нагрузку.

Есть и тюркская версия: в некоторых тюркских языках «баклан» означает «гусь». Она менее правдоподобна, поскольку у восточных славян слово «баклан» в значении «птица» фиксируется с ранних письменных памятников и не требует заимствованного объяснения. Кроме того, уже в конце XV века в новгородских землях известен Андрей Григорьевич Баклан Бутурлин, а в середине XVI века в Казани — Семён Бакланов. Эти ранние упоминания (по данным С. Б. Веселовского) показывают, что прозвище было в ходу задолго до того, как фамилии на -енко стали массовыми.

Интересно, что в фамилии Бакланенко сохранилась первоначальная, неусечённая форма прозвища — Баклан. Это отличает её от однокоренных фамилий вроде Бакланов, где к основе добавлялся притяжательный суффикс -ов. Выбор модели -енко вместо -ов говорит о том, что предки носителя фамилии, скорее всего, происходили из южнорусских или украинских земель, где эта модель была основной для фамилий низших сословий — казаков, крестьян, мещан. В среде дворянства или высшего духовенства Бакланенко не встречается.