Фамилия Бакланин образована по древней и простой модели: к основе, в данном случае прозвищу или мирскому имени Баклана, добавили суффикс принадлежности -ин, означающий «чей?» — сын Бакланы. В русской традиции так называли людей по отцу, и со временем это отчество закрепилось как фамилия.

Основа восходит к слову «баклан». В разных говорах у этого слова несколько значений, и каждое могло стать источником прозвища. Самое очевидное — птица баклан, крупная, неуклюжая на суше, но отличный ныряльщик и рыболов. Прозвище Баклан могли дать человеку за внешнее сходство — длинношеему, с крупным носом, или за манеру поведения: молчун, который внезапно «ныряет» в работу или ссору. В северных и сибирских говорах бакланом называли также обжору, ненасытного едока — снова отсылка к птице, которая заглатывает рыбу целиком. В некоторых местах баклан — это бревно, кряж, а значит, прозвище могло достаться плотному, коренастому человеку.

В ономастических справочниках фамилия встречается реже, чем однокоренные Бакланов или Баклашкин. Редкость суффикса -ин при основе на -ан (Баклан-ин, а не Баклан-ов) указывает на то, что форма могла закрепиться в местности, где было распространено именно такое словообразование — например, в северных и центральных регионах России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. В современных телефонных справочниках Бакланины встречаются точечно в Архангельской, Вологодской областях и в Сибири, что косвенно подтверждает северное или поморское происхождение.

Не стоит путать фамилию с тюркскими корнями: версия о происхождении от тюркского «баклан» (смотрящий, сторож) возможна, но менее вероятна, так как русская словообразовательная модель с суффиксом -ин говорит о славянском прозвище, а не о прямом заимствовании титула. Скорее всего, предок носителя фамилии был обычным человеком, которого в деревне прозвали Бакланом — за стать, аппетит или привычку помалкивать, а его дети пошли по отцу: Бакланины.